เมื่อเวลา 17.00 น.วันที่ 5 กันยายน 2554 นายชาติชาย สุทธิกลม อธิบดีกรมราชทัณฑ์ นายนิพนธ์ นราพิทักษ์กุล ผู้ว่าราชการจังหวัดปัตตานี ได้เดินทางไปยังเรือนจำกลางจังหวัดปัตตานี และร่วมประชุมหาแนวทางเจรจากับกลุ่มนักโทษ ที่ก่อเหตุวุ่นวาย ตั้งแต่เช้าวันเดียวกันนี้ จนมีนักโทษเสียชีวิต 2 คน บาดเจ็บ 1 คน

จากนั้นนายนิพนธ์ ได้ออกมาอ่านข้อเรียกร้องของกลุ่มนักโทษทั้ง 7 ข้อ พร้อมกับปราศรัยกับกลุ่มนักโทษว่า ในนามของผู้ว่าราชการจังหวัดปัตตานี ข้อเรียกร้องตามที่กลุ่มนักโทษในเรือนจำได้ยื่นข้อเสนอทั้งหมด 7 ข้อ ตนจะขอรับไว้ทั้งหมด รวมทั้งจะย้ายเจ้าหน้าที่เรือนจำกลางจังหวัดปัตตานี 3 นาย ที่สร้างความไม่พอใจกับกลุ่มนักโทษ เพื่อลดปัญหาความขัดแย้งภายในเรือนจำ การขอรับข้อเสนอทั้งหมดก็เพื่อให้ผู้ต้องขังในเรือนจำได้อยู่ย่างสงบ สันติ และให้ความเป็นธรรมกับผู้ต้องหาทุกคน ตนต้องการให้ผู้ต้องขังทั้งหมด กลับไปยังเรือนนอน และปฏิบัติตัวตามปกติ

จากนั้น นายนิพนธ์ได้ลงนามรับข้อเรียกร้อง พร้อบมกัขอให้ยุติการชุมนุมทันที โดยเจ้าหน้าที่เรือนจำกลางปัตตานี ได้เคลื่อนย้ายนักโทษชายที่นับถือศาสนาพุทธ 39 ราย ไปควบคุมตัวที่เรือนจำกลางจังหวัดสงขลา เพื่อลดแรงกดดันระหว่างนักโทษไทยพุทธกับนักโทษมุสลิม

นางขนิษฐา สองเมืองสุข ภรรยาของ นช.วายุ เอ่งฉ้วน ที่เสียชีวิตจากเหตุจลาจล กล่าวว่า สามีต้องโทษจำคุก 2 ปี กับ 9 เดือน จากคดียาเสพติดในข้อหามียาเสพติดไว้ในการครอบครองเพื่อจำหน่าย 2 เม็ด ถูกจำคุกไปแล้ว 9 เดือน ที่ผ่านมา ตนไปเยี่ยมทุกสัปดาห์ เพราะทำงานในโรงงานใกล้เรือนจำ ทุกครั้งที่ไปเยี่ยมสามีไม่เคยบ่นเลยว่ามีปัญหาในเรือนจำ เจ้าหน้าที่ไม่ควรปล่อยให้เรื่องดังกล่าวเกิดขึ้น เพราะที่ผ่านมาเคยมีเหตุในลักษณะนี้ ที่เรือนจำที่อื่นมาก่อนแล้ว เจ้าหน้าที่เรือนจำน่าจะมีมาตรการควบคุมที่ดีกว่านี้