วงการศึกษาในพื้นที่ความขัดแย้งที่ปาตานี/สามจังหวัดชายแดนใต้ต้องเผชิญหน้ากับความเดือดร้อนอีกครั้ง หลังจากโรงเรียนทั้งหมด 6 แห่งใน อ.ทุ่งยางแดนและ อ.มะยอถูกเผา การเผาโรงเรียนเกิดขึ้นบ่อยครั้งในขณะที่เหตุการณ์ความไม่สงบเกิดขึ้นตอนปี 2547 ต้นไป หลายคนตั้งสมมุติฐานว่าการเผาโรงเรียนเป็นฝีมือของขบวนการ แต่ยังมีข้อสงสัยหลายๆ อย่าง รวมถึงบางท่านที่ตั้งข้อสังเกตว่า การเผาโรงเรียนหลายเหตุการณ์เคยเกิดขึ้นก่อนสิ้นสุดปีงบประมาณด้วย