มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เป็นมหาวิทยาลัยส่วนภูมิภาค มีที่ตั้งทางภูมิศาสตร์อยู่ติดกันหรือใกล้เคียงกันกับประเทศเพื่อนบ้านหลายประเทศ มีหน้าที่สำคัญในการสร้างองค์ความรู้ใหม่ผ่านการวิจัยและพัฒนา ให้บริการชุมชน และทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม โดยกำหนดวิสัยทัศน์ให้เป็นมหาิวิทยาลัยชั้นนำในระดับภูมิภาคเอเชีย และมีพันธกิจสำึคัญในการพัฒนามหาวิทยาลัยให้เป็นชุมชนทางวิชาการ ตั้งแต่ระดับท้องถิ่นไปจนถึงระดับนานาชาติ
ประเทศแถบสมุทรรัฐเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ประกอบด้วยประเทศลาว กัมพูชา เวียดนาม เมียนมาร์ มาเลเซีย อินโดนีเซีย บรูไน ติมอร์เลสเต สิงคโปร์ ฟิลิปปินส์และประเทศไทยเป็นกลุ่มประเทศที่มีความสำคัญอย่างยิ่งของโลกกลุ่มหนึ่ง โดยเฉพาะการที่ภูมิภาคนี้มีระดับการเจริญเติบโตทางเศรษฐกิจ ที่สูงมาก และมีบทบาทสำคัญยิ่งในสังคมโลก ความเปลี่ยนแปลงใด ๆ ที่เกิดขึ้นในประเทศใดประเทศหนึ่ง สามารถส่งผลกระทบ ต่อประชาคมโลก ทั้งหมดและต่อประเทศไทยด้วย นอกจากนั้นแล้ว ความเจริญก้าวหน้าทางเทคโนโลยี ได้ทำให้ความสัมพันธ์ระหว่างประเทศทางด้านต่าง ๆ ของกลุ่มประเทศในภูมิภาคนี้ มีความใกล้ชิด และสลับซับซ้อนยิ่งขึ้นและในอนาคตระดับความสัมพันธ์และความสลับซับซ้อนดังกล่าวจะเพิ่มมากขึ้นไปอีก ดังนั้นการสร้างองค์ความรู้ใหม่และรวบรวมองค์ความรู้เดิมเกี่ยวกับกลุ่มประเทศเหล่านั้นจึงมีความสำคัญยิ่ง โดยเฉพาะเพื่อนำมาใช้เป็นพื้นฐานการพัฒนาประเทศไทยในด้านต่าง ๆ เช่น ด้านเศรษฐกิจ สังคม วัฒนธรรมและความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ
โครงการจัดตั้งสถาบันสมุทรรัฐเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ศึกษา ได้รับการจัดตั้งเป็นโครงการจัดตั้งสังกัดสำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานี มาตั้งแต่ปีพุทธศักราช 2536 และได้มีการดำเนินงาน ในสถานภาพของโครงการจัดตั้ง บริหารงานโดยคณะกรรมการบริหารโครงการฯ ที่ได้รับการแต่งตั้งจาก รองอธิการบดี วิทยาเขตปัตตานี จนสามารถสร้างความเป็นเอกลักษณ์ทางวิชาการและให้บริการชุมชนอย่างต่อเนื่องตลอดมา จนเป็นที่ยอมรับทั้งในประเทศและภูมิภาค